Este libro pone énfasis en la física elemental con la que se construye la ingeniería molecular. En el capítulo 1 se aplican tanto la mecánica cuántica como las fuerzas intermoleculares para explicar la construcción de la estructura molecular de sistemas basados en interacciones núcleo-electrón y electrón-electrón para una energía cinética electrónica. En el capítulo 2 se emplea el cálculo variacional para resolver las ecuaciones de Hartree-Fock a partir tanto del método SCF de Roothaan como de funciones base pertinentes. Esto es lo mínimo necesario para introducir la teoría de funcionales de la densidad (DFT). También se introducen los métodos semiempíricos, con el hamiltoniano π-electrónico efectivo con aplicación en sistemas hasta diez veces mayores que DFT, y mecánica molecular basada en mecánica clásica, con aplicación en sistemas mucho mayores que los métodos semiempíricos y tan grandes como los recursos computacionales lo permitan. En el capítulo 3 se explica cómo la dinámica molecular tiene esencia en las ecuaciones de movimiento de sistemas atómicos, que se resuelven nu-méricamente utilizando, por ejemplo, el método de Verlet o algún otro análogo. La parte esencial del capítulo 4 destaca el método de Montecarlo como un método alternativo a la dinámica molecular. De manera sencilla se explica cómo es que el método de Montecarlo requiere de bases de datos muy grandes para tener buenas aproximaciones a los resultados. Finalmente, el capítulo 5 es una introducción a la aplicación de software de simulación.